新闻中心

    Nano测样避坑指南 - 蛋白定量的注意事项

     超微量分光光度计是核酸及蛋白质定量的基础仪器,此外还具备全波长扫描等丰富的功能。在日常实验中,核酸定量是最常规的应用,基于紫外吸收法的核酸定量设置简单,仅需要选择正确的样本种类,即可得到浓度及纯度比值。而对于蛋白质定量来说,由于样本种类、溶剂成分、方法学适用性等多种因素影响,相对复杂一下,以致不少用户的测量结果与真值偏差很大。本文针对蛋白质定量,讨论了一些对结果影响较大的常见问题。



    image.png



    图片

    方法学适用性是最重要的

    以Nanophotometer® NP80机型为例,其本身具备7种蛋白质定量方法,包括UV法、多种标准曲线法、公式法等。多样化的方法意味着适用性不尽相同。例如,已知消光系数的纯化蛋白,使用UV280法是直接且准确的;一些小分子蛋白无明显UV280吸收峰的,可使用A205肽键吸收法进行测量;含RIPA成分的裂解液中的总蛋白,应使用标准曲线法测量;体系具有其他UV280吸收的成分的混合物,可使用公式法进行测量。如果使用的方法不对,则会受到非常大的干扰,得到误差很大的结果,对后续实验结果造成严重影响。

     

    总结需要考量的因素:

    1,是否有典型吸收峰?

    2,是否有干扰?

    3,需要测量相对或大概浓度,还是准确的浓度?


    ayy2.png


    图片

    吸光值和浓度是两码事

    紫外UV280法,是基于朗伯-比尔定律进行定量的,吸光值=消光系数×浓度×光程。光程是仪器在设计时就定好的,是已知量(假设仪器光程没有漂移),因此只需要考虑消光系数。不同蛋白质由于典型氨基酸-酪氨酸、色氨酸、苯丙氨酸、半胱氨酸含量不同,因此消光系数也差别很大,如BSA为0.667,抗体类一般为1.3-1.7之间。仪器测量的吸光值根据蛋白种类不同,可以计算为不同的浓度且差别较大。因此,应尽可能的查询纯化蛋白质的准确消光系数,或者降低准确性预期。如未知氨基酸序列的样本,可根据大概结构使用近似的蛋白质的消光系数进行估算。也可使用OD1(即1OD-1mg/ml)进行估算或测量相对浓度。


    ayy3.png


    图片

    注意光谱曲线的异常

        单看A280吸光值和浓度值,其实是无法判断数据可靠性的,需要结合吸收光谱曲线。超微量分光光度计一般都是全波长的,可以获得光谱曲线(一些使用滤光片的设备是单波长的,没有光谱曲线)。当光谱曲线出现明显异常时,需要找出的问题和评估影响。如有颗粒物和沉淀的样本,将导致浊度散射,往往吸光值将大幅增加,浓度结果被高估,可使用背景校正功能进行修正(单波长背景修正或多波长外推)。曲线出现明显拐点,说明有共吸收物质影响,需要评估影响因子。通过曲线评估有助于对测量结果进行判断。


    ayy4.png

    图:典型的浊度散射曲线,可能由于沉淀或颗粒物导致


    ayy5.png

    图:含有RIPA的样本,由于临近的吸收峰重叠导致曲线具有拐点,并伴随有轻微散射


        另外,即使方法适用,在使用不同方法进行蛋白浓度测量时,结果会有一些差异,如BCA和UV280法对分子量较大的非变性球蛋白进行定量时,由于空间位阻,BCA的还原性降低,而UV280紫外吸收并不受影响,导致BCA的测值可能偏低。因此,对于测量结果应科学评估,并考虑多种潜在因素。更好的使用您的超微量分光光度计,专业的问题解答请关注德国Implen。


    上一篇:Cell Mol Immunol(IF=19.8)|细胞实时监测实锤:国产新药助力免疫疗法攻克肺癌!    下一篇:Nature Biotechnology|破解用药毒性问题, 细胞实时监测佐证全新抗癌方案!

    微信公众号