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    三代测序,为样品质控保驾护航

    当前,以PacBio、Nanopore为代表的三代测序技术已成为全基因组测序(WGS)的主流方法。利用无需PCR过程的单分子测序技术,进行长读长测序,无论是对基因组组装还是基因组变异检测,都具有很高的准确率。更可利用测序过程中聚合酶反应的动力学变化,分析基因组学和表观遗传学数据,适合于基于多组学研究的应用场景。

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    结合当前大力发展中医药研究及产业化的时代大背景,基于全基因组测序及多组学研究的技术,已经成为了中医药科学研究的重要推动力。日前,来自医科大学、中医科学院道地药材重点实验室、以及安诺优达的联合团队利用PacBio三代测序技术,发表了一个染色体水平的高质量三七参考基因组,并通过基因组演化分析,鉴定了系统发育与全基因组复制事件对于皂苷合成的影响。

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    三七是五加科人参属的多年生草本植物,因其广泛的药理学作用,在中国近千年的临床治疗中发挥了重要的作用。结合多组学研究数据,研究人员还对三七进行了详细的转录水平分析,揭示了三七的小块茎形成的基因调控机制,从时间和空间水平上,进一步研究了皂苷的合成和调控。鉴定到了5个糖基转移酶基因,在三七中催化不同的人参皂苷的形成。

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    文章中所报道的三七全基因组数据为将来进一步研究三七生长特性、栽培、育种以及皂苷合成提供了遗传数据资源。这一成果发表于核心期刊《Plant Communications》。

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    三代全基因组测序对基因组DNA的浓度、纯度有较高要求,只有质量合格的样品才能进入测序流程,否则将导致错误的产生。   

    本文中样品质控使用了Implen的Nanophotometer®及Qubit 2.0,分别对提取的基因组DNA进行纯度及浓度检测。A260/A280、A260/A230方法为核酸样品质控的通用方法,同时也是目前的标准方法。Nanophotometer®可以准确的测量A260/A280和A260/A230,提供完整的DNA纯度数据,完全符合期刊对于数据完整性的要求。

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    这得益于设备高精度的光学结构,在全波长扫描下可同时获得全波长数据。无论是NGS,三代测序,还是QPCR,DNA还是RNA,Nanophotometer®都可以令您得心应手,助力您的科学研究。

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    如果您使用基因测序作为研究手段,可根据通量需求选择Implen的N60或N120系列,实现对少量或大量核酸样本的质控。N60作为单通道设备,性能出众,操作便捷;N120可一次测量12个样品,得到准确结果。二者均具有很好的波长精度,适合多波长测量下的比值数据获取。

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    相信Nanophotometer®超微量分光光度计能够成为您在基因测序工作中值得信赖的好工具。

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