Applied Biosystems™提供两种阈值设置方法：自动和手动。自动设置中，软件将自动选择阈值，此阈值更适合平台更高的曲线 (图3中的蓝色曲线)。然而这将导致此数据组中的红色曲线的 Ct 值出现偏差，因为其至佳阈值比此值更低。通常情况下，默认设置通常已十分适当，但也可将阈值手动拖至指数期中间，以获得更高的准确度。因此，需对每个数据组进行独立研究，这样才能根据具体情形选择至佳阈值。